OMICS
Die AG OMICS-Daten befasst sich mit dem Management, der Speicherung und der nachhaltigen Nutzung von Sequenzierdaten. Im Mittelpunkt stehen Austausch, Infrastrukturkonzepte und Metadatenharmonisierung.
OMICS-Technologien ermöglichen die Analyse biologischer Systeme auf unterschiedlichen Ebenen, etwa in der Genomik, Transkriptomik, Proteomik und Metabolomik. Diese Ansätze, welche Daten mittels Hochdurchsatzverfahren generieren, haben in den vergangenen Jahren erheblich an Bedeutung in den Bio‑ und Lebenswissenschaften gewonnen und sind heute fester Bestandteil moderner Forschung.
Ein zentraler Treiber dieser Entwicklung sind technologische Fortschritte in der Sequenzierung sowie verbesserte Analysemethoden, unter anderem durch maschinelles Lernen. Gleichzeitig führen sinkende Sequenzierkosten zu einem starken Wachstum der erzeugten Datenmengen. Sequenzierdaten sind hochgradig speicherintensiv und können, abhängig von Plattform und Datentyp, von wenigen Gigabyte bis zu mehreren Terabyte pro Probe umfassen. Öffentliche Archive wie das European Nucleotide Archive verzeichnen entsprechend rapide wachsende Datenbestände im Petabyte-Bereich.
Auch im medizinischen Kontext spielen OMICS-Daten eine zunehmend wichtige Rolle, insbesondere im Bereich der Präzisionsmedizin. Die AG selbst betrachtet jedoch keine klinischen oder personenbezogenen Daten. Schnittstellen zu klinischen Datenstrukturen sollen in Zusammenarbeit mit relevanten Partnern konzeptionell betrachtet werden, um perspektivische Anknüpfungspunkte zu schaffen.
In Schleswig-Holstein werden Sequenzierdaten an mehreren Standorten generiert, unter anderem in Core Facilities und am Competence Centre for Genomic Analysis (CCGA) in Kiel. Aufgrund ihrer Größe und Komplexität erfordern diese Daten spezialisierte Speicher‑ und Datenmanagementlösungen, die derzeit standortabhängig unterschiedlich umgesetzt sind. Zusätzlich entsteht bei der Veröffentlichung von Daten der Bedarf nach strukturierten Prozessen zur Datenübermittlung („Brokering“) sowie zur Harmonisierung von Metadaten zwischen lokalen Systemen und öffentlichen Repositorien.
Die AG OMICS-Daten bietet eine Plattform für den fachlichen Austausch zu bestehenden Lösungen, gemeinsamen Herausforderungen und zukünftigen Strategien. Ziel ist es, Synergien zu nutzen, Best Practices zu teilen und nachhaltige Konzepte für den Umgang mit OMICS-Sequenzierdaten zu entwickeln.
Weitere Informationen
Laufzeit:
- 12/2024–Laufend (AG)
- 07/2024–12/2024 (IG)
Materialien:
- Fortmann-Grote, C., & Wohlers, I. (2026). Survey on OMICS data management in Schleswig-Holstein [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.18400618
- Fortmann-Grote, C. (2025). Daten Bereinigen mit OpenRefine. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.16356278
0000-0003-4004-0464